Germán Moldes tuvo un destacado y vertiginoso ascenso en la política y en el Poder Judicial durante la década del ‘90. Desde 1995 es fiscal general ante la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal. Durante la última dictadura militar, Moldes, que se desempeñaba como secretario en un juzgado, fue arrestado a disposición del Poder Ejecutivo, en un operativo que coronó la detención de varios integrantes de la Unión de Empleados Judiciales de la Nación (UEJN), entre ellos, su actual titular, Julio Piumato. Fue liberado dos meses más tarde. Con la llegada de Carlos Menem a la presidencia de la Nación, Moldes empezó a tener sus primeros espacios relevantes en la función pública. En agosto de 1991 José Luis Manzano reemplazó a Julio Mera Figueroa en el Ministerio del Interior y designó a Moldes como su subsecretario de Coordinación. Dos meses más tarde fue ascendido al cargo de secretario de Población, es decir, el segundo detrás de Manzano dentro del Ministerio. Durante su gestión fue denunciado por el ingreso irregular al país del traficante sirio Monzer Al Kassar. Renunció en diciembre de 1992 y seis meses más tarde fue nombrado fiscal ante los Tribunales Orales en lo Penal Económico de la Capital Federal. A principios de 1994 quedó a cargo de una de las tres fiscalías ante la Cámara del Crimen de la Capital Federal. Sin embargo, un año más tarde el entonces fiscal ante la Cámara Federal de la Capital Federal, Gustavo Hornos, fue ascendido a juez de la Cámara de Casación. En mayo de 1995 Moldes fue designado para ocupar esa vacante. Desde 1997 uno de sus fiscales adjuntos es Eugenia Anzorreguy, sobrina del ex jefe de la Secretaría de Inteligencia Hugo Anzorreguy. Fue uno de los fiscales que impulsó en febrero de 2015 la marcha del 18F en homenaje al fallecido titular de la UFI AMIA, Alberto Nisman. En 2010, al no haber sostenido la apelación ante la Cámara Federal, Moldes permitió el archivo de dos causas contra el matrimonio Kirchner, una por negociaciones incompatibles con la función pública y otra por asociación ilícita.