Eduardo Taiano llegó a la Fiscalía Federal N°3 en abril de 1993, cuando fue nombrado adjunto del entonces titular Alfredo Alberto Colombo. Dos años más tarde quedó al frente de la Fiscalía, en la que permanece hasta la actualidad.

Antes había sido secretario de Luisa Riva Aramayo en la Fiscalía ante la Cámara de Apelaciones en lo Criminal y Correccional de la Capital Federal. Allí compartió grupo de trabajo con el juez Ariel Lijo, el abogado Gabriel Cavallo y el ex diputado Manuel Garrido, entre otros.

En 2004, el entonces procurador general de la Nación Esteban Righi designó a Taiano integrante de la Unidad de Asistencia para Causas por Violaciones a los Derechos Humanos durante el Terrorismo de Estado, por solicitud de Félix Crous, quien era el fiscal a cargo de la Unidad. Desde esta dependencia, intervino en la causa por los crímenes cometidos en la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA) durante la última dictadura militar.

A pedido del titular de la Procuraduría de Crímenes contra la Humanidad, Jorge Auat, en 2010 fue nombrado fiscal coadyuvante para intervenir en la instancia de apelación ante la Cámara Federal en dicha causa.

Tras el fallecimiento del fiscal federal Luis Comparatore en 2013, Taiano fue designado por la procuradora general Alejandra Gils Carbó para ejercer la subrogancia de la Fiscalía Federal N°5. En diciembre de 2014 fue reemplazado en dicha función por Leonel Gómez Barbella.

Entre otras causas sensibles en las que ha intervenido se destaca las denuncias a Néstor Kirchner por enriquecimiento ilícito durante los períodos 1995-2004, y 2004-2007, y la causa por la apropiación de Papel Prensa.