Juan Carlos Gemignani nació el 22 de julio de 1962 en la ciudad de Santa Fe. Su padre, del mismo nombre, integró el Superior Tribunal de Justicia de la provincia de Santa Fe y formó parte del primer Consejo de la Magistratura creado luego de la Reforma Constitucional de 1994.

Gemignani hijo se recibió de abogado en 1985 en la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad Nacional del Litoral (UNL) y realizó posteriormente una especialización en Criminología en la misma universidad, que tuvo a su padre como decano durante ocho años. Desde el comienzo de su carrera se dedicó al ejercicio independiente de la profesión.

Además, fue ayudante en la Cátedra de Raúl Zaffaroni en la Universidad de Buenos Aires (UBA), profesor de Derecho Penal por concurso en la UNL y profesor asistente de Derecho Penal en la subsede de Paraná de la Universidad Católica Argentina (UCA).

A partir de 2001 se transformó en representante de distintos organismos públicos nacionales ante las provincias de Santa Fe y Entre Ríos. En 2003 fundó junto a sus hermanos la empresa Turismo La Paz, dedicada a la actividad hotelera en la provincia de Entre Ríos.

En 2008 Gemignani se inscribió en el Concurso 197 del Consejo de la Magistratura, destinado a cubrir tres vacantes (que luego serían cuatro) en la Cámara Federal de Casación Penal. Entre los jurados iniciales se encontraba su padre, que debió excusarse de intervenir.

Superada la primera etapa, Gemignani estuvo entre los cinco integrantes de la lista complementaria que el Consejo envió al Poder Ejecutivo y finalmente entre los cuatro definitivos que el gobierno envió al Senado, cuyos pliegos fueron aprobados en septiembre de 2011.

Actualmente, ocupa la Sala IV de Casación, junto a Mariano Borinsky y Gustavo Hornos.