Desde octubre de 2016, Juan Pablo Salas es camarista federal de San Martín. Hasta ese momento, era secretario federal, pero desde septiembre de 2011 subrogaba dos de los tres juzgados federales de Morón. No era magistrado titular en ningún juzgado, pese a que era uno de los candidatos que más ternas había integrado en los concursos realizados por el Consejo de la Magistratura.

Desde 2003, Salas integró ternas para cubrir vacantes en juzgados federales de primera instancia de Mar del Plata, San Isidro, Rosario, Capital Federal, San Martín y Morón, y para la Cámara Federal de San Martín. En ningún caso su nombre fue elegido por el Poder Ejecutivo para buscar el acuerdo del Senado.

Se egresó en el año 1993 de la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires (UBA). Ese mismo año comenzó a desempeñarse como secretario en el Juzgado Federal en lo Criminal y Correccional N°2 de Morón. En 1994 el juzgado pasó a manos del juez Jorge Ernesto Rodríguez, quien se desempeña en el cargo hasta la fecha. En 2005 Salas quedó a cargo del Juzgado Federal N° 3 de Morón, y seis años más tarde fue nombrado en el Juzgado N° 1, en ambos casos como subrogante.

En el ámbito de la docencia, se desempeñó en varios cargos dentro de la materia Derecho Penal 3 en la Universidad de Morón desde 2001 hasta 2012. Actualmente es docente en el Posgrado de Administración Tributaria Subnacional de la Universidad Nacional de Tres de Febrero, cuyo director es Carlos Walter, ex titular de Rentas de la Ciudad de Buenos Aires. En la misma universidad es miembro del comité académico y docente del Posgrado de Especialización en Tributación Local, cuyo director es Germán Krivocapich.

Entre los casos resonantes que pasaron por sus juzgados, Salas llevó adelante la investigación por la desaparición de Luciano Arruga cuando en 2013 la causa fue derivada a la Justicia Federal. Rechazó, además, la extradición de Moria Casán a Paraguay en la causa por las joyas apropiadas. También tuvo a cargo el caso de la muerte del ex agente de la SIDE, Pedro “Lauchón” Viale, a manos del Grupo Halcón en 2013. Por último el caso de robo de municiones de un depósito de la Fuerza Aérea en El Palomar, donde se denunció un faltante de municiones calibre 9 y 22 que se encontraban en desuso.

Tuvo una nueva oportunidad para postularse a la Cámara Federal de San Martín. Fue ternado nuevamente en agosto de 2015, en noviembre el Poder Ejecutivo Nacional envió su pliego al Senado y en diciembre, tras la llegada de Mauricio Macri a la presidencia, el nuevo gobierno retiró su pliego. Siete meses más tarde, sin embargo, el Ministerio de Justicia volvió a remitir su pliego al Senado en el marco del mismo concurso. Tras el aval de la Cámara Alta, en octubre de 2016 se convirtió en camarista federal de San Martín.