Marcelo Darío Fernández hizo toda su carrera judicial en los tribunales federales de San Martín, en los que se desempeña desde hace más de dos décadas. Desde octubre de 2012, es juez de la Cámara Federal de Apelaciones de esta ciudad.

Fernández comenzó a trabajar en la Justicia en 1990, cuando tenía 19 años y aún no se había recibido de abogado. Obtuvo su título cuatro años más tarde en la Universidad de Belgrano. Trabajó durante cuatro años en la Cámara Federal de San Martín, luego tuvo un breve paso como secretario en el Juzgado Federal de Mercedes y en septiembre de 1994 llegó a la Fiscalía Federal N° 2 de Morón, por entonces a cargo de Mariano Kiguel.

Fue secretario de esta Fiscalía durante diez años, mientras en paralelo ejercía la docencia en la Universidad de Buenos Aires (UBA). En 2002, Kiguel renunció y se abrió un concurso para cubrir su vacante. Fernández se inscribió y quedó en segundo lugar en la terna que aprobó la Procuración General de la Nación. El Poder Ejecutivo Nacional eligió su nombre y, tras el pliego del Senado, se transformó en fiscal federal de Morón en diciembre de 2004.

Es docente en la Universidad Nacional de Lomas de Zamora, en la que integra como profesor adjunto la cátedra de Derecho Penal a cargo del juez federal de la Capital Federal Sergio Torres. Con Torres y otros autores también escribió libros como “Temas de Derecho Penal” y “Tráfico de Estupefacientes”.

En 2008 el juez Horacio Prack renunció a la Cámara Federal de San Martín, lo que originó la apertura de un nuevo concurso, que finalmente cubrió dos vacantes por la posterior renuncia de Narciso Lugones. Fernández se inscribió y quedó en tercer lugar en la terna del Consejo de la Magistratura. En octubre de 2012 asumió como juez de la Sala I de la Cámara Federal de San Martín.