En diciembre de 2003, la Cámara Federal apartó a Juan José Galeano de la investigación de la causa AMIA por considerar que el juez no era imparcial. Tras la realización del sorteo, el expediente fue derivado al juzgado de Rodolfo Canicoba Corral. Casi tres años más tarde, el juez ordenó la captura internacional de los siete imputados iraníes, en línea con el dictamen que había recibido del entonces fiscal Alberto Nisman (encontrado muerto el 18 de enero de 2015), y declaró crimen de lesa humanidad al atentado contra la mutual judía.

Canicoba Corral está a cargo del Juzgado Federal en lo Criminal y Correccional N° 6 desde 1993. Nació en Buenos Aires en 1945 y comenzó su carrera como meritorio en la Justicia bonaerense, pero recién en la década del ‘90 tuvo sus primeros roces con la política nacional.

En 1992 ingresó como asesor al Ministerio de Justicia de la Nación, que tenía a Jorge Maiorano como titular y a Elías Jassan como secretario de Justicia. Al año siguiente, el entonces titular del Juzgado Federal N° 6 Miguel Guillermo Pons pasó a integrar un Tribunal Oral Federal y el 16 de junio de 1993 Canicoba Corral fue designado para reemplazarlo. Entonces no había Consejo de la Magistratura y las designaciones las decidía el Presidente con acuerdo del Senado.

En 1997 Canicoba condenó a cuatro meses de prisión en suspenso a Domingo Cavallo, quien lo había acusado de ser uno de “los jueces de la servilleta”, un grupo de magistrados que, según el ex ministro de Economía, respondía al entonces ministro del Interior, Carlos Corach.

Sus últimos diez años en Comodoro Py estuvieron marcados por la instrucción en su juzgado de la causa AMIA. En 2013, tras la aprobación del Memorándum de Entendimiento con Irán, las entidades judías AMIA y DAIA presentaron amparos ante la Justicia Federal. Canicoba explicó que no era su competencia y que la causa debía ir al fuero Contencioso Administrativo. La Corte Suprema rechazó su planteo y envió el expediente a Canicoba, que declaró improcedente el amparo presentado por AMIA y DAIA. Seis meses más tarde, la Cámara Federal declaró inconstitucional el acuerdo e hizo lugar al amparo.

Canicoba tiene seis hijos. El mayor, Emiliano Ramón Canicoba, fue Secretario Letrado del Tribunal Oral en lo Criminal Federal N° 5 de San Martín, trabajó en la Corte Suprema de Justicia de la Nación y en junio de 2015 fue designado titular del Juzgado Federal N° 1 de San Martín. Su hija Malena trabajó en la Auditoría General de la Nación (AGN), gracias al auditor Javier Fernández.

En 2012, Canicoba Corral fue denunciado penalmente por presunto enriquecimiento ilícito por el abogado Ricardo Monner Sans. La causa quedó en manos del juez Luis Osvaldo Rodríguez, titular del Juzgado en lo Criminal y Correccional Federal de Capital Federal N°9.