Alejandro Alagia conserva un antecedente que nadie va a poder quitarle. Junto con el fiscal Javier De Luca, fueron los primeros fiscales elegidos por concurso de oposición y antecedentes en la historia de la Procuración General de la Nación.
En 1999, Alagia se inscribió el Concurso N° 1, destinado a cubrir dos cargos de fiscal ante los Tribunales Orales en lo Criminal de la Capital Federal. La terna elevada por la Procuración lo ubicó en primer lugar en el orden de mérito y en marzo de 2001 asumió en la Fiscalía N° 2.
Alagia es profesor titular de Derecho Penal en la Universidad de Buenos Aires (UBA) y es uno de los referentes de la agrupación Justicia Legítima. Es discípulo del ex juez de la Corte Suprema Raúl Zaffaroni, en cuya cátedra ejerció la docencia durante casi dos décadas. Junto al juez de Casación Alejandro Slokar, Alagia y Zaffaroni escribieron un Tratado de Derecho Penal.
En la actualidad, es fiscal en la Unidad para Causas por Violaciones a los DDHH durante el Terrorismo de Estado y concursa para convertirse en fiscal ante la Cámara de Casación Penal, máximo tribunal del país en materia penal.
Ingresó a la Procuración en la década del ’90. Fue designado adjunto en la Fiscalía Federal N° 1 de la Capital Federal en 1992 y nueve meses más tarde fue trasladado a la Fiscalía Federal N° 6. En octubre de 1993 intercambió cargos con el actual juez federal Sergio Torres. Alagia fue nombrado fiscal en el fuero ordinario y Torres, que era fiscal en ese fuero, pasó a ocupar el cargo de Alagia en la Fiscalía Federal N° 6. Torres, desde 2010, es profesor adjunto en la cátedra de Alagia.