Juan Manuel Culotta tiene a cargo el Juzgado Federal N° 1 de La Plata. Este juzgado, que se encuentra vacante y Culotta ocupa en calidad de subrogante, tiene a su cargo el control de las elecciones en la Provincia de Buenos Aires, donde se concentra el 40% de los votantes del país. Sin embargo, la designación de Culotta como juez suplente no estuvo exenta de polémicas: la Justicia la declaró inconstitucional. Culotta es titular del Juzgado en lo Criminal y Correccional Federal de Tres de Febrero desde 2003, cuando se creó ese tribunal. En diciembre de 2016 solicitó su traslado al Juzgado Federal N° 1 de La Plata, que se encuentra vacante desde la muerte de su entonces titular, Manuel Blanco. Si bien el traslado definitivo no prosperó, el Consejo de la Magistratura de la Nación lo designó en ese juzgado en calidad de subrogante algunos meses después. Como ocurría desde algunos meses antes con otros suplentes, Culotta sólo se quedó con la subrogancia electoral de ese juzgado. La parte penal está en manos del juez federal Ernesto Kreplak. Tras una denuncia de la asociación civil Abogados por la Justicia Social, ligada con el Frente para la Victoria, el juez federal de La Plata Alberto Recondo declaró inconstitucional la designación de Culotta. Señaló, en primer lugar, que el Consejo de la Magistratura no tiene atribuciones para dividir un juzgado por sus competencias (electoral y penal). Además, sostuvo que según el fallo “Uriarte” de la Corte Suprema de Justicia de la Nación “son los jueces de primera instancia más cercanos en la jurisdicción” los llamados a subrogar. Si bien se encuentra en la Provincia de Buenos Aires, el Juzgado Federal de Tres de Febrero, a cargo de Culotta, está bajo la órbita de la Cámara Federal de San Martín y no de la Cámara platense. Entre 2004 y 2006  había sido subrogante en el Juzgado Federal N° 1 de San Isidro. Este juzgado también está bajo la órbita de la Cámara Federal de San Martín. El magistrado, de 54 años, es egresado del colegio Cardenal Newman, igual que varios funcionarios del actual gobierno, entre ellos, el presidente de la Nación, Mauricio Macri. Su esposa, Daniela Vizzón, es licenciada en Trabajo Social y empleada del Poder Judicial de la Nación. En su última declaración jurada Culotta declaró una casa en Beccar, en el Partido de San Isidro, de 220 metros cuadrados, que comparte con su esposa; un departamento en la ciudad de Buenos Aires y dos autos. Además, reportó ahorros por 360 mil pesos. Culotta lleva más de 25 años en la Justicia Federal de San Martín y dentro de la Asociación de Magistrados está identificado con la lista Compromiso Judicial, que lidera el camarista en lo Comercial Rafael Barreiro e integran, entre otros, el consejero Leónidas Moldes. Se recibió de abogado en la Universidad de Buenos Aires en 1990, momento en el que trabajaba en la Justicia criminal ordinaria de la Capital Federal. A fines de ese año se incorporó al Juzgado Federal N° 2 de Morón, por ese entonces a cargo de Eduardo Luraschi. En ese tribunal llegó a ser secretario de Jorge Rodríguez, quien asumió al frente del Juzgado en 1994 y sigue siendo su titular. Por esos años, fue ayudante de segunda de Derecho Penal en la Universidad de Buenos Aires. Trabajó, además, en la Fiscalía ante la Cámara Federal de San Martín y en 1995 pasó a trabajar como prosecretario en la Cámara de esa ciudad. Desde 2001 se desempeñó como secretario letrado de este tribunal hasta que en 2003, concurso mediante, fue nombrado juez federal Tres de Febrero. Al momento de concursar, no acreditaba libros o publicaciones en su CV. Como titular de este juzgado tuvo a su cargo una causa muy sensible para el mundo del espionaje. El 9 de julio de 2013, en un expediente de narcotráfico, el juez Culotta ordenó el allanamiento del domicilio de Pedro “El Lauchón” Viale, un agente de Contrainteligencia de la Secretaría de Inteligencia (ex SIDE). La orden fue ejecutada por el Grupo Halcón de la Policía de la Provincia de Buenos Aires. Viale, que pertenecía al entorno del ex director de Operaciones de la SIDE Antonio Stiuso (según él mismo declaró en una entrevista con el diario Clarín), se enfrentó con los oficiales y fue asesinado de 11 tiros.